外宇宙から現れた謎の光が地球に向けて進んでいく。その光球飛行物体が通り過ぎていった各惑星の前線基地からの通信が次々と途絶し、さらに光球飛行物体は急速に地球に接近、地球側も迎撃ミサイルで応戦するも効果はなく、地球上に悠然と降り立ったそれは、超大型ミサイルであった。そして後から地球に押し寄せて来た大艦隊の奇襲攻撃に地球艦隊は為すべも無く壊滅し、地球は瞬く間に制圧される。 暗黒星団帝国はヤマトの在処を示せと要求、超大型ミサイルは重核子爆弾で、地球の中間子質量を破壊し、人類の脳細胞を一挙に死滅させることが出来ると脅してくる。 古代達ヤマトの乗組員達は、英雄の丘に集結、森雪のもたらした地球防衛軍長官からの極秘命令を受け小惑星イカルスへと向かう。しかし森雪は途中で負傷し、一人だけ地球に取り残されることになる。地球から決死の脱出を果たした一行がイカロスに着くと、そこにはヤマトが隠されていた。 ヤマトの乗組員たちは、重核子爆弾の起爆コントロールが敵母星であることを突き止め、爆発を阻止するために40万光年の航海に旅立つ。
七緒はるひ,折笠爱,横山智佐,菊池正美,小桜エツコ,小林优子
中村悠一,花泽香菜,生天目仁美,竹达彩奈,早见沙织,佐藤聪美,田村由香里
小林裕介,古川慎,市之濑加那,沼仓爱美,佐藤元,前野智昭,村瀬步,上田丽奈,高桥花林,河西健吾,麦人,中村悠一,石田彰,丰崎爱生
未知
未知
未知
梶裕贵,村濑步
菊池正美,折笠爱,七绪春日,横山智佐,富泽美智惠,小林优子,进藤尚美,小樱悦子,森下由树子
梶裕贵,洲崎绫,小泽亚李,小野贤章,置鲇龙太郎,杉田智和,潘惠美,小清水亚美,小松未可子
悠木碧,本渡枫,千本木彩花,田中美海,原田彩枫,沼仓爱美,和气杏未,杉山里穗
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